中医专业执业医师的执法主体是县级以上卫生行政部门，而中医专长执业医师的执法主体是由县级以上中医药主管部门

中医专业执业医师的考试方式是参加去哪国执业医师资格考试；
中医专长执业医师的考试方式省级考核

中医专业执业医师的执业范围要比中医（专长）执业医师大很多。

中医专业执业医师在执业满五年后可以开办中医（综合）诊所，三年后可以开办中医诊所，可以从事先进的医疗技术，执业注册的范围为中医类别。

而中医（专长）执业医师虽然也能开办中医诊所，但不能开展中医（综合）诊所，只能按照注册范围执业，执业注册的范围仅限用什么方法治什么病。